La commission quadripartite (depuis 1989) est maintenue : elle décide des orientations et de la gestion du budget de la convention (fonds de concours). Elle reste assistée d’un comité technique chargé des travaux préparatoires.

La création de sites bilingues et leur suivi sont débattus au sein d’une commission académique de programmation, de développement et de suivi. Celle-ci peut entendre les représentants des collectivités concernées et le cas échéant les associations de parents d’élèves. Le recteur seul décide des implantations de sites bilingues.